Ani po třech letech nepřestává datová sada z programu CDC s názvem C3 přinášet vhled do podstaty CFS

Autorkou článku je Suzanne Vernonová Ph.D., ředitelka pro vědu a výzkum Americké asociace CFIDS, spoluautorka C3
Pozn. red. ME/CFS.czech: CFIDS Association of America se změnila na Solve ME/CFS Initiative (SMCI). Dr. S. Vernonová přijala pozici vědecké ředitelky SMCI v roce 2007 a odstoupila z této pozice v dubnu 2015.

Během podzimu 2005 — když jsem ještě pracovala v Centrech pro kontrolu a prevenci nemocí (CDC) — se podílelo 25 vyšetřovatelů z celého světa na výzkumném programu The CFS Computational Challenge (C3), což je pravděpodobně jedna z nejbohatších a nejkomplexnějších klinických datových sad CFS, shromážděných v nemocnici ve Wichitě ve státě Kansas při dvoudenním testování subjektů. Ani o tři roky později tato datová sada a koncepce spolupráce nastolená programem C3 nepřestává přinášet vhled do podstaty CFS.

Po ukončení C3 schválilo CDC sdílení klinické datové sady z Wichity s dvěma projekty CAMDA 2006 na Duke University a CAMDA 2007 v Barceloně — vědeckými fóry, kde biologové, statistici, počítačoví odborníci a matematici z celého světa soutěží s nejlepšími algoritmy a softwarovými nástroji pro zhodnocení různých technik používaných v genomice. Toto poskytlo více příležitostí propojit pestrou a zkušenou skupinu vědců za účelem získání svěžích pohledů, nových nástrojů a přístupů k rozluštění CFS. Postgraduální studentka z UCLA vyhrála soutěž CAMDA 2006 a nyní je navržena k publikaci její práce o využití genomického přístupu k popisu dysfunkce imunitních buněk u CFS.

Ve skutečnosti vyústilo během posledních tří let sdílení klinické datové sady z Wichity a dálková spolupráce zkušených vědců ve vydání 20 publikací. Kromě těchto 20 publikací bylo z výzkumného programu CFS vedeného CDC zveřejněno přinejmenším 15 dokumentů o klinické studii ve Wichitě.

Zatím byly od účastníků projektu CAMDA 2007 vydány v časopise Genomics dva dokumenty: autorem prvního z nich je Jim Fuite Ph.D. a kolegové. Popisuje odlišnosti komunikace imunitních buněk u CFS. Autorem druhého je Madhuchhanda Bhattacharjee, Ph.D. a kolegové. Dokument identifikuje geny, genovou aktivitu a proteinové ukazatele CFS.

Práce J. Fuiteho a kol. publikovaná v časopise Genomics je nazvána “Přestavba neuroendokrinní a imunitní sítě u syndromu chronické únavy: Průzkumná analýza” (Neuroendocrine and Immune Network Re-modeling in Chronic Fatigue Syndrome: An Exploratory Analysis). Používá klinická data z Wichity a některé matematické metody k identifikaci vzorů a komunikačních sítí.

Autoři jsou schopní demonstrovat, že lidé s CFS mají imunitní genovou aktivitu, která se podobá chronickému zánětu. Toto pozmění imunitní funkce, a zpětně zase ovlivňuje neuroendokrinní funkce u lidí s CFS. Na základě přezkumu dat z několika systémů těla zároveň jde v tomto případě o první komplexní hodnocení, které demonstruje závažné poruchy různých fyziologických systémů. Tyto fyziologické poruchy pravděpodobně podporují symptomy u CFS.

Druhá práce od Bhattacharjee a kol. pojmenovaná “ Bayesiánská biomarkerováidentifikace založená na markerové expresi proteomických dat” (Bayesian Biomarker Identification Based on Marker-expression Proteomics Data) používá teorie pravděpodobnosti (Bayesiánské metody) k identifikaci markerů specifických pro únavu, které jsou pravděpodobně jedinečné pro CFS. Zatímco tato práce je více o technice analýzy než o CFS, nálezy jsou opravdu pozoruhodné. Identifikuje geny, které byly nalezeny v jiných studiích CFS (např. glukokortikoidní receptor) a chromozómy s geny, jejichž aktivita je u CFS odlišná.

A konečně to nejdůležitější, tito autoři jsou první, kteří zveřejňují závěry z komplexní proteomické analýzy prováděné ze séra 227 účastníků klinické studie ve Wichitě.

Spojením genetických dat s aktivitou genů a následně s produkcí proteinů identifikuje Bhattacharjee několik oblastí genomu, které jsou spojeny s CFS. To je důležité, protože věda už rozumí některým funkcím těchto oblastí genomu, působícím potenciální biologické odchylky, které mohou za prvé být příčinou CFS nebo mechanismem, který udržuje nemoc.

Tyto dva dokumenty jsou vynikajícím příkladem síly vědecké spolupráce a sdílení vědeckých dat. Existuje ohromné množství biologických důkazů shrnutých do 35 publikací, které byly doposud vydány z klinické datové sady z Wichity. Tyto dokumenty urychlily naše chápání CFS, dokumentovaly biologická vysvětlení pro symptomy CFS a měly by být využity pro vývoj modelů, které nám dovolí identifikovat a objektivně diagnostikovat podtypy CFS a přizpůsobit tomu péči i léčbu.

Tímto je posilováno přesvědčení CFIDS asociace, že uzrál čas pro partnerství, vzájemnou spolupráci, výzkumné sítě a posílení stávajících dat CFS pro získání nejlepších hodnot a nejrychlejšího pokroku ve výzkumu CFS.

Bhattacharjee M, Botting CH, Sillanpää MJ. Bayesian biomarker identification based on marker-expression proteomics data. Genomics. 2008 Aug 14. [Epub ahead of print]

Fuite J, Vernon SD, Broderick G. Neuroendocrine and immune network re-modeling in chronic fatigue syndrome: an exploratory analysis. Genomics. 2008 Sep 4. [Epub ahead of print]

Wichita Clinical Study Data Access

Překlad: PaD

Označeno s: , , ,

Napsat komentář

Vaše emailová adresa nebude zveřejněna. Vyžadované informace jsou označeny *

*